Foram estudados, pela primeira vez, os cariótipos de duas espécies de sciaenídeos de água doce, pertencentes ao gênero Plagioscion (P. squamosissimus e Plagioscion sp.), através de técnicas de coloração convencional (Giemsa), NOR e banda C. Todos os indivíduos apresentaram 2n = 48, NOR simples e banda C preferencialmente pericentromérica. Porém, a fórmula cariotípica e a localização das NORs permitiram-nos evidenciar diferenças inter- e intra-específicas. Em P. squamosissimus, as NORs estão localizadas em posição proximal nos braços longos do último par do complemento e são heteromórficas em relação ao tamanho das marcações. Aparentemente, esse heteromorfismo de NOR está associado com diferenças populacionais. Por outro lado, Plagioscion sp. apresentou dois citótipos. O citótipo a é caracterizado por 2 cromossomos metacêntricos e 46 acrocêntricos, enquanto o citótipo b é caracterizado por 48 cromossomos acrocêntricos. Em ambos citótipos, as NORs estão localizadas em posição proximal nos braços longos do primeiro par de cromossomos do complemento. Porém, no citótipo a essas marcações localizam-se em um par de cromossomos metacêntricos, enquanto no citótipo b em um acrocêntrico.