A ausência de bandas longitudinais em cromossomos de peixes tem sido associada a problemas técnicos nas preparações cromossômicas ou à ausência de uma compartimentalização estrutural no genoma dos peixes. No presente estudo, um padrão de bandas R foi obtido usando a técnica de bandamento de replicação pelo tratamento in vivo com 5-BrdU. Padrões de bandamento G foram obtidos após tratamento dos cromossomos com tripsina e também após clivagem in situ com a endonuclease de restrição BamHI. Um padrão similar de bandamento G também foi obtido após clivagem dos cromossomos com a endonuclease HinfI. A presença de um resolutível padrão de bandamento R e G em Astyanax scabripinnis paranae mostra que seus cromossomos parecem apresentar estrutura "isochore" similar àquela encontrada em outros vertebrados.