Foi utilizada a reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa (RT-PCR) seguida por eletroforese capilar em microchip para avaliar a viabilidade de esporos de Alicyclobacillus acidoterrestris após a inativação com saponina e temperatura. O método demonstrou ser adequado para tal propósito, além de ser mais rápido e sensível que a tradicional técnica de plaqueamento usado como padrão na indústria de alimentos. Os limites de quantificação e detecção foram 0,0107 e 0,0039 ng µL-1 de DNA amplificado, respectivamente. O coeficiente de correlação (r) entre plaqueamento e o método desenvolvido foi 0,9977, o qual indica uma excelente correspondência entre eles. Assim, é possível avaliar com confiança a viabilidade da bactéria usando a reação de RT-PCR para detecção. Para avaliação do potencial deste método molecular sobre microbiologia tradicional na inativação de A. acidoterrestris foi utilizado saponina como agente de inativação, potencializado com temperatura.