Compostos orgânicos provenientes de cinco amostras de sedimentos e um perfil com 75 cm foram coletados na Lagoa da Conceição, localizada na Ilha de Santa Catarina, com o objetivo de avaliar fontes de matéria orgânica. Os resultados que foram baseados na relação C:N:P, abundância relativa dos esteróis (com predomínio dos C27), álcoois (0,2-1,2 µg g-1) e hidrocarbonetos lineares (0,4-5,0 µg g-1), e no uso do Índice Preferencial de Carbono (CPI), indicaram que a matéria orgânica é preferencialmente de origem terrestre (C/N > 10 e CPI > 2). Em todos os locais observaram-se correlações significativas entre as quantidades de fósforo (TP, média 5,20 µmol g-1) e carbono orgânico total (TOC, média 2,90 mmol g-1) com as frações de silte e argila. No perfil, que foi cronologicamente datado com o radionuclídeo 210Pb, o intervalo de 55 a 75 cm apresentou predomínio de areia (> 50%). Entretanto, outros parâmetros, tais como TOC, TP e hidrocarbonetos também aumentaram nesse intervalo, o que sugere uma mudança na fonte de matéria orgânica.