Bisamidinas aromáticas são compostos ativos frente a Leishmania sp. e Pneumocystis carinii. Embora o modo de ação não seja conhecido, tem sido sugerido a interação com o B-DNA. Dentro do planejamento racional de drogas baseado na estrutura do receptor, este artigo mostra o cálculo das energias de interação de alguns análogos da pentamidina e o B-DNA e estabelece bases racionais para a síntese de derivados rígidos ou semi-rígidos que contenham uma conformação farmacofórica "isoélica" ao B-DNA. Os resultados demonstram que quanto mais próxima da conformação farmacofórica, melhor a energia de interação com o B-DNA.
