O código genético é degenerado, isto é, o mesmo amino ácido pode ser codificado por vários codons. Apesar de codificarem o mesmo amino ácido, estes codons sinônimos não são utilizados da mesma forma em genomas diferentes, e mesmo em um único genoma o padrão de uso dos codons sinônimos pode variar muito entre os genes, ou ainda ao longo de um único gene. Com a recente introdução de seqüências genômicas completas as razões destes desvios no uso de codons estão começando a ser entendidas. Neste artigo nós vamos apresentar alguns dos fatores propostos para as variações no uso de codons sinônimos e as forças seletivas que podem influenciar tais variações.