A metagenômica independente de cultura é um meio atraente e promissor para explorar pequenas moléculas bioativas únicas de esponjas marinhas que abrigam micro-organismos simbiontes não cultiváveis. Foi realizada uma triagem funcional da biblioteca metagenômica da esponja marinha japonesa Discodermia calyx. O fracionamento bio-guiado do extrato cultivado em placas do clone bactericida pDC113 produziu onze ciclodipeptídeos: Ciclo(L-Thr-L-Leu) (1), Ciclo(L-Val-D-Pro) (2), Ciclo(L-Ile-D-Pro) (3), Ciclo(L-Leu-L-Pro) (4), Ciclo(L-Val-L-Leu) (5), Ciclo(L-Leu-L-Ile) (6), Ciclo(L-Leu-L-Leu) (7), Ciclo(L-Phe-L-Tyr) (8), Ciclo(L-Trp-L-Pro) (9), Ciclo(L-Val-L-Trp) (10) e Ciclo(L-Ile-L-Trp) (11). Eles são os primeiros ciclodipeptídeos isolados a partir de uma biblioteca metagenômica. A análise sequencial indicou que os ciclodipeptídeos isolados não foram sintetizados por peptídeo sintetases não ribossomais e não havia indícios significativos de sintetases ciclodipeptídicas.
