"Moléculas similares exercem atividades farmacológicas similares". Baseados neste conceito, os(as) químicos(as) medicinais modificam as estruturas de compostos biologicamente ativos. Mudanças bioisostéricas de átomos e grupos podem ser usadas em inibidores enzimáticos, agonistas e antagonistas, dentre outros princípios ativos. Entretanto, estruturas químicas similares e dissimilares não são facilmente definidas de forma objetiva. Surpreendentemente, várias relações entre a estrutura e a atividade demonstram que compostos similares podem ter atividades e ações biológicas muito diferentes. Modificações químicas simples de alguns ligantes podem resultar em efeitos inesperados, incluindo novos modos de ação. Enantiômeros ópticos também apresentam diferenças em suas atividades biológicas.