Recifes, manguezais e bancos de fanerógamas marinhas são biótopos frequentemente associados, formando um ecossistema complexo e altamente produtivo que proporciona significativos bens e serviços ecológicos e econômicos. Diferentes impactos antrópicos estão crescentemente afetando esses habitats costeiros tropicais, trazendo preocupações acerca de sua conservação. Neste estudo de campo, utilizamos uma técnica de censo visual subaquático (transecções de 50 x 2 m) para investigar as interações entre os peixes e microhabitats no complexo estuarino-recifal de Mamanguape, no Nordeste do Brasil. Entre outubro de 2007 e setembro de 2008 foram realizadas 144 transecções para avaliar a estrutura da assembleia de peixes. Grupos tróficos e estágios de vida dos peixes (jovens e adultos) foram registrados segundo a literatura, enquanto a porcentagem de cobertura do substrato foi estimada através do método de pontos de contato. Nossos resultados mostraram que a composição da ictiofauna mudou gradualmente da Zona Estuarina para a Zona Recifal, e que a assembleia de peixes esteve fortemente relacionada com a disponibilidade de microhabitats - como sugerido pela predominância de carnívoros na zona estuarina e presença de herbívoros na zona recifal. A abundância e diversidade de peixes foram maiores na zona recifal e nas margens do estuário, destacando a importância da complexidade estrutural. O padrão de uso da área como berçário, com indivíduos maiores nas zonas de transição e recifal, e os menores na zona estuarina, foi registrado para Abudefduf saxatilis, Anisotremus surinamensis, Hippocampus reidi, Lutjanus alexandrei e Lutjanus jocu. Nossos resultados sugerem que há conectividade entre os biótopos de manguezal, bancos de fanerógamas e recifes, e destacam a importância do Sistema Manguezal-Recife de Mamanguape como uma área prioritária para conservação e pesquisa, cujos mosaicos de habitats devem ser ainda estudados e protegidos.
