A família Potamotrygonidae forma um clado monofilético com três gêneros: Paratrygon Duméril, Potamotrygon Garman e Plesiotrygon Rosa, Castello & Thorson. A maioria das espécies dessa família possui distribuição restrita a uma única bacia ou sistema fluvial, e somente as espécies Potamotrygon motoro, Potamotrygon orbignyi e Paratrygon aiereba estão presentes em mais de uma bacia hidrográfica. O presente estudo teve como objetivo investigar a estrutura genética de Paratrygon aiereba em alguns rios da região Amazônica: Negro, sistema Solimões-Amazonas, Tapajós, Xingu, e Araguaia. Para tal foram utilizados como marcador molecular os genes de ATPase subunidade 6, e COI. As análises com o fragmento de COI indicaram que o gênero Paratrygon é grupo irmão dos outros gêneros da família potamotrygonidae. Os resultados para o fragmento de ATPase mostraram que essas populações estão estruturadas dentro dos rios, com fluxo gênico restrito, ou mesmo sem fluxo gênico, apresentando uma correlação positiva entre distância genética e distância geográfica. Paratrygon aiereba é composta por três clados com distância genética de pelo menos 2%. A divergência encontrada dentro desse grupo é semelhante à observada entre Potamotrygon spp. Segundo as premissas para barcoding COI e a distribuição alopátrica de três clados em P. aiereba indicam que esse grupo pode ser um complexo de espécies. O rio Negro é conhecido por sua pesca ornamental, e na calha Solimões-Amazonas, esses animais são utilizados como fonte de proteína e sofrem com a pesca comercial. Em vista disso medidas de conservação para esta espécie devem ser tomadas em nível local, considerando cada rio separadamente, ao invés de empregar escalas regionais maiores.
