Neste estudo, foram conduzidas análises filogenéticas e filogeográficas de populações identificadas como Hypostomus strigaticeps na bacia do alto rio Paraná a fim de testar se essas populações compreendem espécies crípticas ou populações estruturadas e avaliar a variabilidade genética das mesmas. Foram analisadas sequências do DNA mitocondrial ATP sintetase (subunidades 6/8) de 27 espécimes de 10 populações (uma do rio Mogi-Guaçu, cinco do rio Paranapanema, três do rio Tietê e uma do rio do Peixe). A análise filogeográfica mostrou a existência de oito haplótipos (A-H), e apesar do haplótipo ancestral incluir apenas indivíduos da bacia do rio Tietê, a distribuição de H. strigaticeps não se restringe a esta bacia. Os haplótipos A, B e F foram os mais frequentes. D, E, F, G e H estão presentes na sub-bacia do rio Paranapanema, dois (A e B) estão presentes na sub-bacia do rio Tietê, um (C) está exclusivamente distribuído na sub-bacia do rio do Peixe, e um (B) também está presente na sub-bacia do rio Grande. A análise filogenética mostrou que as populações de H. strigaticeps realmente formam uma unidade monofilética que compreende duas linhagens: TG, com representantes do rio Tietê, rio Mogi-Guaçu e rio do Peixe, e PP, com espécimes do rio Paranapanema. O grau de divergência genética observada nas linhagens de TG e PP foram de 0,1% e 0,2%, respectivamente, enquanto que a divergência genética entre as duas linhagens foi de aproximadamente 1%. Os resultados da análise filogenética não suportam a hipótese da existência de espécies crípticas e a análise filogeográfica confirma a presença de H. strigaticeps em outras sub-bacias do alto rio Paraná: sub-bacias do rio Grande, rio do Peixe e rio Paranapanema.
