A metodologia para amplificação subtipo-específica por PCR da região transmembrana do gene env (gp41) do HIV-1, descrita por Yagyu e colaboradores, foi testada a partir de DNA proviral de 100 pacientes infectados pelo HIV-1 de Itajaí, Sul do Brasil. Setenta indivíduos apresentaram produtos amplificados e correspondentes aos subtipos B, C, D e F de acordo com a metodologia escolhida. Destes indivíduos, 26 (37,1%) apresentaram a amplificação esperada para o subtipo C de acordo com a metodologia; 42 (60%) apresentaram os produtos esperados para os subtipos B e D, sendo que na etapa seguinte de diferenciação destes subtipos, 16 (22,9%) corresponderam ao subtipo D e 26 (37,1%) ao subtipo B. Dois indivíduos (2,9%) mostraram produtos amplificados após a amplificação específica para o subtipo F. O sequenciamento e a comparação com sequências referências confirmou a subtipagem de HIV-1 C e B obtida pela metodologia. No entanto, indivíduos subtipados erroneamente como HIV-1 D e F pela metodologia, foram classificados pela comparação com sequências referências como subtipos C e B, respectivamente. Em relação aos indivíduos que não mostraram produtos amplificados, a baixa carga viral observada no histórico destes pacientes seria em parte responsável pela dificuldade na subtipagem pela metodologia de PCR, como demonstrado pelo resultado significativo no ANOVA ao testar o efeito da carga viral no sucesso da amplificação. O alinhamento das sequências obtidas com sequências referências de HIV-1 correspondentes à região da gp41 demonstrou que há uma alta diversidade intra-subtipo e que as regiões a partir das quais foram desenhados os oligonucleotídeos iniciadores HIV-1 subtipo-específicos não são conservadas nem suficientemente representativas dos subtipos observados nas populações brasileiras para permitir sua correta identificação. Portanto, esta metodologia não é aplicável para populações virais brasileiras.
