Yellow fever virus resurgence in Sao Paulo State, Brazil, 2024–2025

Cunha, Mariana Sequetin; Guerra, Juliana Mariotti; Siconelli, Márcio Junio Lima; Fonseca, Benedito Antonio Lopes da; Dias, Jessica Caroline de Almeida; Freitas, Gisele Dias de; Sabino, Ester Cerdeira; Manuli, Erika Regina; Pereira, Geovana Maria; Valença, Ian Nunes; Matsumoto, Patrícia Sayuri Silvestre; Faria, Nuno Rodrigues; Fernandes, Natália Coelho Couto de Azevedo

doi:10.1590/S1678-9946202668013

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Brief Communication • Rev. Inst. Med. trop. S. Paulo 68 • 2026 • https://doi.org/10.1590/S1678-9946202668013 linkcopy

Yellow fever virus resurgence in Sao Paulo State, Brazil, 2024–2025

Authorship SCIMAGO INSTITUTIONS RANKINGS

We report the detection of yellow fever virus in Campinas and Ribeirao Preto city areas (two geographic areas within Sao Paulo State, Brazil) from September 2024 to February 2025. Phylogenetic analysis of six new genomes showed a re-introduction in 2022 from Midwest Brazil followed by persistence in Sao Paulo State. Continued surveillance in neotropical primates is required to prevent cases in humans.

KEYWORDS:
Yellow fever virus; Phylogenetics; Surveillance

Authorship

person Mariana Sequetin Cunha

schoolInstituto Adolfo Lutz, São Paulo, São Paulo, BrazilInstituto Adolfo Lutz, São PauloBrazilSão Paulo, BrazilInstituto Adolfo Lutz, São Paulo, São Paulo, Brazil

0000-0001-8903-604X

person Juliana Mariotti Guerra

schoolInstituto Adolfo Lutz, São Paulo, São Paulo, BrazilInstituto Adolfo Lutz, São PauloBrazilSão Paulo, BrazilInstituto Adolfo Lutz, São Paulo, São Paulo, Brazil

0000-0002-0326-7187

person Márcio Junio Lima Siconelli

schoolUniversidade de São Paulo, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, São Paulo, BrazilUniversidade de São PauloBrazilSão Paulo, BrazilUniversidade de São Paulo, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil

0000-0001-5340-0962

person Benedito Antonio Lopes da Fonseca

0000-0003-3159-5687

person Jessica Caroline de Almeida Dias

0009-0008-8887-2511

person Gisele Dias de Freitas

schoolCentro de Vigilância Epidemiológica Prof. Alexandre Vranjac, São Paulo, São Paulo, BrazilCentro de Vigilância Epidemiológica Prof. Alexandre VranjacBrazilSão Paulo, BrazilCentro de Vigilância Epidemiológica Prof. Alexandre Vranjac, São Paulo, São Paulo, Brazil

0009-0009-4756-6806

person Ester Cerdeira Sabino

0000-0003-2623-5126

person Erika Regina Manuli

0000-0003-2376-8488

person Geovana Maria Pereira

0000-0003-0635-0653

person Ian Nunes Valença

0000-0001-6614-2755

person Patrícia Sayuri Silvestre Matsumoto

schoolSaint Mary's University, Department of Geography and Environmental Studies, Halifax, CanadaSaint Mary's UniversityCanadaHalifax, CanadaSaint Mary's University, Department of Geography and Environmental Studies, Halifax, Canada

0000-0001-7205-7557

person Nuno Rodrigues Faria

schoolUniversidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, BrazilUniversidade de São PauloBrazilSão Paulo, BrazilUniversidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, BrazilschoolImperial College London, School of Public Health, Department of Infectious Disease Epidemiology, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, London, UKImperial College LondonUKLondon, UKImperial College London, School of Public Health, Department of Infectious Disease Epidemiology, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, London, UK

0000-0001-8839-2798

person Natália Coelho Couto de Azevedo Fernandes

schoolInstituto Adolfo Lutz, São Paulo, São Paulo, BrazilInstituto Adolfo Lutz, São PauloBrazilSão Paulo, BrazilInstituto Adolfo Lutz, São Paulo, São Paulo, Brazil

0000-0003-4754-4200

personCorrespondence to: Mariana Sequetin Cunha Instituto Adolfo Lutz, Av. Dr. Arnaldo, 355, CEP
01246-000, São Paulo, SP, Brazil Tel:
+55 11 3068-2993 E-mail:
masequetin@gmail.com

Editor:

Camila Malta Romano https://orcid.org/0000-0003-4550-1987

CONFLICT OF INTERESTS

The authors declare no conflicts of interests.

SCIMAGO INSTITUTIONS RANKINGS

Instituto Adolfo Lutz, São Paulo, São Paulo, BrazilInstituto Adolfo Lutz, São PauloBrazilSão Paulo, BrazilInstituto Adolfo Lutz, São Paulo, São Paulo, Brazil

Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, São Paulo, BrazilUniversidade de São PauloBrazilSão Paulo, BrazilUniversidade de São Paulo, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil

Centro de Vigilância Epidemiológica Prof. Alexandre Vranjac, São Paulo, São Paulo, BrazilCentro de Vigilância Epidemiológica Prof. Alexandre VranjacBrazilSão Paulo, BrazilCentro de Vigilância Epidemiológica Prof. Alexandre Vranjac, São Paulo, São Paulo, Brazil

Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, BrazilUniversidade de São PauloBrazilSão Paulo, BrazilUniversidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil

Saint Mary's University, Department of Geography and Environmental Studies, Halifax, CanadaSaint Mary's UniversityCanadaHalifax, CanadaSaint Mary's University, Department of Geography and Environmental Studies, Halifax, Canada

Imperial College London, School of Public Health, Department of Infectious Disease Epidemiology, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, London, UKImperial College LondonUKLondon, UKImperial College London, School of Public Health, Department of Infectious Disease Epidemiology, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, London, UK

Figures

Figures (2)

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Figure 1 Map of Sao Paulo State showing the Campinas (Car) and Ribeirao Preto surrounding areas (RPar). The map was created using ArcGIS Pro 3.3.1. ESRI Basemaps as sources 297 × 209mm (300 × 300 DPI)

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Figure 2 Time-scaled Bayesian phylogeny of YFV sequences from Brazil. Tip colors correspond to Brazilian states/regions, as defined in the key. Tip symbols indicate host/vector type (circle = nonhuman primate, square = human, triangle = mosquito). Clades are defined as previously (28), now including year of first detection for each clade. Posterior support values are shown at key nodes. Inset below shows a zoomed view of clades A–C (note that Clade C is nested within B and B is nested within A). Boxes along the timeline indicate 95% Bayesian credible intervals for the time to the most recent common ancestor of each clade. See Supplementary Table S1 for geographic coordinates and host information for new sequences. Mean evolutionary rate was estimated at 6.62 × 10^-4 substitutions per site per year (95% Bayesian credible interval: 5.24 × 10^-4 to 8.08 × 10^-4).

imageFigure 1 Map of Sao Paulo State showing the Campinas (Car) and Ribeirao Preto surrounding areas (RPar). The map was created using ArcGIS Pro 3.3.1. ESRI Basemaps as sources 297 × 209mm (300 × 300 DPI) open_in_new

imageFigure 2 Time-scaled Bayesian phylogeny of YFV sequences from Brazil. Tip colors correspond to Brazilian states/regions, as defined in the key. Tip symbols indicate host/vector type (circle = nonhuman primate, square = human, triangle = mosquito). Clades are defined as previously (28), now including year of first detection for each clade. Posterior support values are shown at key nodes. Inset below shows a zoomed view of clades A–C (note that Clade C is nested within B and B is nested within A). Boxes along the timeline indicate 95% Bayesian credible intervals for the time to the most recent common ancestor of each clade. See Supplementary Table S1 for geographic coordinates and host information for new sequences. Mean evolutionary rate was estimated at 6.62 × 10^-4 substitutions per site per year (95% Bayesian credible interval: 5.24 × 10^-4 to 8.08 × 10^-4). open_in_new

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