Com o objetivo de investigar a infecção natural por Leishmania em fêmeas de flebotomíneos, em um foco de leishmaniose visceral, no município de Antônio João, Estado de Mato Grosso do Sul, no período de junho a outubro de 2003, dissecou-se o trato digestivo de 81 fêmeas de cinco espécies de flebotomíneos capturadas em três localidades: Aldeia Campestre, Aldeia Marangatu e Povoado Campestre. Após dissecção estas foram divididas em 13 grupos monoespecíficos e armazenadas em etanol 70%. Para identificação das espécies de Leishmania pela técnica de PCR, esses grupos foram analisados por meio da amplificação dos genes de DNA ribossômico e mini-exon. Das fêmeas analisadas, Lutzomyia longipalpis foi a espécie mais freqüente com 95% (77/81) dos espécimes e apenas um exemplar das demais espécies, Brumptomyia avellari, Evandromyia cortelezzii, Evandromyia lenti e Nyssomyia whitmani, foi encontrado. Tripanosomatídeos foram identificados em oito dos nove grupos de L. longipalpis (10,39%), sendo um da Aldeia Campestre, seis do Povoado Campestre e um da Aldeia Mangaratu. Desses, dois (2,6%) foram identificados, por PCR, como Leishmania chagasi sendo um proveniente da Aldeia Mangaratu e outro, que em dissecção apresentou formas promastigotas (1,23%), proveniente de Povoado Campestre. Os demais grupos foram negativos. Esses resultados apontam para um alto risco de transmissão de leishmaniose na área.