Nosso propósito foi comparar o polimorfismo genético de seis amostras de P. brasiliensis (113, 339, BAT, T1F1, T3B6, T5LN1), com quatro amostras de P. cerebriformis (735, 741, 750, 361) do laboratório de micologia do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, utilizando a técnica de Amplificação Aleatória do Polimorfismo de DNA (RAPD). O perfil de bandas do RAPD diferenciou claramente os isolados de P. brasiliensis de P. cerebriformis. Entretanto, ocorreu uma variação significativa no padrão de bandas das amostras de P. cerebriformis. O sequenciamento do gene ribossomal 28S revelou seqüências de nucleotídeos bastante conservadas entre os isolados de P. cerebriformis, fornecendo subsídio para o agrupamento taxonômico destas amostras, diferenciando estas de P. brasiliensis e mostrando que de fato são espécies distintas. A seqüência de DNA sugere que P. cerebriformis pertence ao gênero Aspergillus.