No Brasil, o principal agente etiológico da leishmaniose, apresentando freqüentemente comprometimento das mucosas, pertence ao subgênero (Viannia). A conduta terapêutica no tratamento da leishmaniose depende de seu diagnóstico parasitológico e os métodos clássicos restringem sua identificação. Neste trabalho, descrevemos uma reação de PCR, utilizando primers desenhados a partir de seqüências repetitivas de mini-exons, que amplificam um fragmento de 177pb e que são capazes de distinguir o subgênero (Viannia) do subgênero (Leishmania), tornando-se uma ferramenta útil no diagnóstico desta doença.