Sistemática é o estudo da diversidade dos organismos e suas relações, compreendendo classificação, nomenclatura e identificação. O termo classificação ou taxonomia relaciona-se ao arranjo dos organismos em grupos, nomenclatura é a atribuição de nomes científicos internacionais corretos aos organismos e identificação é a inclusão de linhagens desconhecidas em grupos derivados da classificação. Portanto, a classificação requer previamente, uma nomenclatura estável e uma perfeita identificação. O limiar da nova era da Sistemática bacteriana, pode ser atribuído à introdução e aplicação dos novos conceitos taxonômicos, a partir das décadas de 1950 e 1960. Progressos importantes foram conseguidos empregando-se recursos de taxonomia numérica e a taxonomia molecular. A taxonomia molecular surgiu com a emergência dos recursos da Biologia molecular, provendo conhecimentos que abrangem a Sistemática de bactérias, na qual existe grande interesse evolutivo, ou onde é observada a necessidade de eliminação de quaisquer interferências ambientais. Quando estudamos a composição e disposição de nucleotídeos em determinadas posições do material genético, estamos procurando conhecer seu genoma, muito menos susceptível às alterações ambientais que as proteínas codificadas por ele. Na taxonomia molecular, pode-se pesquisar tanto o DNA quanto o RNA, e as principais técnicas que tem sido empregadas na Sistemática compreendem a construção de mapas de restrição, hibridação DNA-DNA e DNA-RNA, seqüenciamento do DNA, seqüenciamento das subunidades 16S e 23S do rRNA, RAPD, RFLP, PFGE, etc. Técnicas baseadas em seqüenciamento, embora extremamente sensíveis e de grande precisão, são relativamente caras e impraticáveis para a grande maioria dos laboratórios de taxonomia bacteriana. Algumas outras técnicas tem sido aplicadas ao estudo de microrganismos, nos últimos anos elas incluíram preliminarmente, a análise eletroforética de proteínas solúveis e isoenzimas e subseqüentemente a determinação da composição das bases do DNA e a determinação da homologia das seqüências de bases através de experimentos com hibridação DNA-RNA, entre outros. Essas várias técnicas, tem mostrado a carência de informação taxonômica na Sistemática bacteriana. Existem inúmeras técnicas e metodologias que tornam possíveis a identificação e classificação bacteriana – parte delas descritas nessa revisão – permitindo o estabelecimento dos diferentes graus de similaridade em níveis subespecífico e interespecífico, através da análise do polimorfismo fenético. Contudo foi apontada a necessidade do emprego de mais de uma técnica para melhor se estabelecer graus de similaridade entre microrganismos. Dados obtidos à partir de uma única técnica isolada, podem não prover informação suficiente para a Sistemática bacteriana