Avaliou-se a eficiência da técnica de Imunofluorescência Indireta (IFI) como método confirmatório no diagnóstico da infecção por HIV-1 e HTLV-I/II. Para isto, processaram-se amostras com sorologia positiva ou negativa por Western blot (Wb) para ambos vírus, pertencentes a populações em diferentes graus de risco de adquirir a infecção e determinaram-se os valores de sensibilidade, especificidade, valores preditivos positivo e negativo e o índice de concordância Kappa da IFI para cada sistema viral em comparação com o Wb. Como fontes de antígenos da IFI empregaram-se as linhas celulares H9 (HTLV-III b), MT-2 e MT-4 (persistentemente infectadas com HTLV-I), MO-T (persistentemente infectadas com HTLV-II). Os valores globais de sensibilidade e especificidade para o sistema HIV-1, foram 96,80% e 98,60% respectivamente, enquanto os valores preditivos positivo e negativo 99,50% e 92,00% respectivamente. Não foram achadas diferenças na eficiência da técnica para a detecção de anticorpos anti HIV-1 entre as diversas populações estudadas. A respeito do sistema MT-2-HTLV-I os valores achados de sensibilidade e especificidade da IFI foram de 97,91% e 100% respectivamente sendo os valores preditivos positivo e negativo de 100% e 97,92% respectivamente. Do mesmo jeito para o sistema HTLV se demonstrou que a IFI implementada foi mais sensível quando se defrontaram as amostras com os dois antígenos virais (HTLV-I e HTLV-II) simultaneamente. A concordância global entre a IFI versus Wb para o sistema HIV-1 e HTLV foi ótima (índices de Kappa 0,93 e 0,98 respectivamente). Estes resultados indicam que a IFI é uma técnica altamente sensível e específica resultando adequada para o diagnóstico confirmatório da infecção pelos retrovirus humanos HIV-1 e HTLV-I/II em populações em diferentes graus de risco, podendo substituir ao Wb no algoritmo proposto para o diagnóstico sorológico da infecção por estes agentes.