Infecção humana por Cryptosporidium spp e outros coccideos deve-se a microrganismos oportunistas hospedeiros não-específicos e, em pacientes HIV positivos, os sintomas gastro-intestinais podem ser sérios e prolongados incluindo náuseas, febre baixa, dores abdominais, anorexia e diarréia aquosa. Estudamos 188 amostras de fezes provenientes de 111 pacientes (84 homens e 27 mulheres, com idade média de 31 anos) com diarréia, atendidos no Hospital das Clínicas da Universidade Estadual de Campinas. Para detecção de Cryptosporidium spp e lsospora belli empregou-se a técnica de Ziehl-Nielsen modificada. Oitenta e três porcento dos pacientes (n=92) eram HIV positivos. Cryptosporidium spp foi observado em 18% de todos os pacientes, sendo que destes, noventa porcento eram HIV positivos, lsospora belli foi evidenciada somente em pacientes HIV positivos, com uma freqüência de 5.4% de todos os pacientes e de 6.5% considerando-se apenas os pacientes HIV positivos. Este estudo confirma os bons resultados obtidos com a técnica empregada para identificação de Cryptosporidium spp e outros coccideos, além de ressaltar a importância da investigação etiológica apropriada em casos de diarréia prolongada, especialmente em pacientes imunossuprimidos.