Descrevemos a taxa de incidência de diarreia associada a Clostridium difficile (CDAD) em pacientes hematológicos e submetidos a transplante de células-tronco hematopoiéticas (TCTH) internados no HC-FMUSP no período de janeiro de 2007 a junho de 2011 usando dois denominadores 1.000 paciente e 1.000 dias de neutropenia e os fatores de risco associados à forma grave da doença e morte. O método de ELISA (Ridascreen-Biopharm, Germany) de detecção de toxinas A/B foi utilizado para o diagnóstico de C. difficile. Análise multivariada usando regressão logística múltipla foi conduzida para avaliar os potenciais fatores de risco associados com forma grave de CDAD e morte em até 14 dias do diagnóstico. Sessenta e seis episódios foram identificados em 64 pacientes entre 439 pacientes que apresentaram diarreia durante o período do estudo. A taxa de incidência de CDAD variou de 0,78 a 5,45 por 1.000 dias de neutropenia e de 0,65 para 5,45 por 1.000 pacientes-dias. A doença de base mais comum foi leucemia mielóide aguda 30/64(44%), 32/64 (46%) pacientes estavam neutropênicos, 31/64 (45%) foram submetidos à TCTH alogênico, 61/64 (88%) usaram antibióticos previamente e 9/64 (13%) apresentaram forma grave da doença. A maioria dos pacientes (89%) utilizou metronidazol oral no tratamento da CDAD e 19/64 (26%) evoluiram para óbito. Os fatores de risco independentes associados à morte foram forma grave da doença e uso de linezolida.