A caracterização de cultivares na produção de mudas certificadas exige técnicas rápidas, eficientes e confiáveis. Marcadores microssatélites (SSR) foram utilizados objetivando a caracterização molecular de 29 porta-enxertos de Prunus spp. O DNA dos porta-enxertos foi analisado utilizando cinco primers SSR pré-selecionados (UDP96-005, UDP96-008, UDP96-013, UDP96-18 e UDP98-414) e revelaram um total de 81 alelos que permitiram individualizar cada um dos genótipos. UDP96-005 foi o marcador que produziu o maior número de informação, 23 alelos polimórficos bem distribuídos entre todos os genótipos. Os 21 polimorfismos produzidos por UDP96-013 ocorreram principalmente pelo elevado grau de variabilidade entre genótipos do subgênero Prunophora. Os cinco marcadores permitiram a separação dos 29 porta-enxertos, no dendrograma, em subgrupos correspondentes aos subgêneros a que pertencem, Prunophora e Amygdalus. Foram obtidos valores adequados para o coeficiente de correlação cofenética (r = 0,82) e de "bootstrapping" entre os cultivares do subgrupo Prunophora. Os SSR são eficientes e confiáveis para a caracterização molecular de porta-enxertos de Prunus spp.
pessegueiro; SSR; fingerprinting