O procedimento de biópsia endomiocárdica vem sendo realizado em vários centros do mundo possibilitando melhor acompanhamento e tratamento dos pacientes com doenças do miocárdio. Em relação à doença de Chagas, este procedimento vem sendo executado no Instituto do Coração desde 1978 e tem trazido importantes contribuições no conhecimento da doença e conseqüentemente do estado clínico do paciente. No presente trabalho resumimos os principais avanços em relação à patogenia da doença de Chagas, propiciados principalmente pelos estudos com a biópsia endomiocárdica. Hoje não se tem mais dúvidas de que o infiltrado inflamatório com agressão às fibras miocárdicas tem papel fundamental na progressão do comprometimento miocárdico até levar à insuficiência cardíaca congestiva. O parasita parece ter participação ativa na perpetuação desta inflamação miocárdica.