O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade bacteriana da saliva de pacientes com diferentes índices de higiene bucal através da construção de duas bibliotecas do gene 16S rRNA. Cada biblioteca foi composta por amostras de saliva de pacientes com índice de biofilme dental de Silness-Löe diferenciado, sendo a primeira (A) com índice de 1,0 a 3,0 (denominada de alto índice) e a segunda (B), entre 0 a 0,5 (denominada de baixo índice). O DNA da saliva foi extraído e o gene 16S rRNA foi amplificado, clonado e sequenciado. As sequências obtidas foram comparadas com aquelas armazenadas no GenBank do NCBI e RDP. A saliva de pacientes com alto índice de biofilme dental apresentou cinco gêneros conhecidos: Streptococcus, Granulicatella, Gemella, Veillonella e Peptostreptococcus e 33,3% de bactérias não-cultivadas, agrupados em 23 unidades taxonômicas operacionais (UTOs). A saliva de pacientes com baixo índice de biofilme dental, foi diferente significativamente da primeira (p=0,000) e foi composta de 42 UTOs, distribuídas em 11 gêneros conhecidos: Streptococcus, Granulicatella, Gemella, Veillonella, Oribacterium, Haemophilus, Escherichia, Neisseria, Prevotella, Capnocytophaga, Actinomyces, além de 24,87% de bactérias não-cultivadas. Pode-se concluir que existe maior diversidade bacteriana na saliva de pacientes com baixo índice de biofilme dental em relação a pacientes com alto índice de biofilme dental
