Clostridium spp. são organismos patogénicos com distribuição mundial, podendo estar presente nos seres humanos, em animais domésticos e em animais selvagens. Estas bactérias habitam geralmente o trato gastrintestinal. Os métodos bacteriológicos convencionais como a microscopia e a cultura têm limitações. O objetivo deste estudo foi de estabelecer uma metodologia específica, sensível e rápida como a ténica de PCR para a deteção de Clostridium spp. A presença de Clostridium spp. Foi pesquisada no duodeno, o jejunum, o íleo e o cecum de galinhas usando análise molecular de genes do rRNA 16S. A técnica de PCR usada neste trabalho detectou Clostridium spp. em amostras intestinais naturalmente contaminadas. Considerando o trato gastrintestinal total, 53.125, 65.625 e 59.375% das amostras foram positivas para Clostridium nas idades 4, 14 e 30d respectivamente. A análise microbiana indicou que Clostridium spp. não foi detectado consistentemente em todos os segmentos intestinais. Os dados observados alertam para possíveis implicações significativas para a saúde e o desempenho das galinhas.