O padrão de colorido é um caráter muito importante na sistemática e alfa taxonomia de espécies do gênero Gymnotus. O objetivo deste trabalho foi apresentar evidências de variação no padrão de colorido em populações locais de Gymnotus pantanal encontrados nos córregos Jacutinga e Pinheirinho, bacia do alto rio Paraná, sul do Brasil. A variação no padrão de colorido foi corroborada por dados morfológicos e citogenéticos. Nossos resultados demonstram a importância da integração de dados morfológicos e citogenéticos na taxonomia de espécies de Gymnotus.