Rotavírus é considerado o principal agente de diarréia infecciosa especialmente entre crianças mais jovens. O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência de diarréia associada a rotavírus e a diversidade de eletroferotipos circulantes empregando-se imunocromatografia e eletroforese de RNA. Espécimes fecais de 391 crianças (267 com diarréia aguda) de nível socioeconômico baixo, atendidas no Hospital Infantil João Paulo II/Belo Horizonte, durante 2005 e 2006, foram incluídos na investigação. Rotavírus foi detectado em 79/20,2% das crianças, 64/24,0% com e 15/12,1% sem diarréia. Associação entre infecção pelo vírus e diarréia foi observada (p = 0,003). Um total de 76/19,4% e 69/17,6% crianças rotavírus-positivas foram detectadas por imunocromatografia e electroforese, respectivamente. Rotavirose foi mais frequentemente detectada em meses secos (p < 0,001) e quase exclusivamente em crianças com até três anos de idade. Embora predomínio de amostras com perfil longo (54/78,3%) tenha sido observado, identificou-se aumento da frequência de amostras com perfil curto. Apesar da queda da frequência de rotavirose em 2006, a doença ainda é muito comum na nossa região. Os dados demonstram que eletroforese do RNA viral é um método adequado para tipagem de rotavírus, mas não deve ser empregado como único método para diagnóstico da infecção pelo vírus. A alteração do padrão de distribuição de amostras, com aumento de frequência de perfil eletroforético curto em detrimento da queda de ocorrência de amostras com perfil longo, confirma dados previamente descritos para outros países da América do Sul.